自然栽培お米は、無農薬・無化学肥料で育てられているため、土壌本来の力を引き出すことができます。その結果、土壌中に存在するミネラルが豊富にお米に吸収され、カルシウム、マグネシウム、鉄分などの必須ミネラルの含有量が一般米に比べて高くなることが多いです。

自然栽培では、化学肥料を使用しないため、植物が自ら必要な栄養素を土壌から吸収するようになります。その結果、ビタミンB群やビタミンEなど、特定のビタミンが自然栽培お米に多く含まれていることがあります。特に、ビタミンB1（チアミン）は、エネルギー代謝を助ける重要な栄養素であり、自然栽培お米では一般米に比べてその含有量が多くなることが期待されます。